Ziel der zweiten, regionalen Säule der Allianz Bayern Innovativ geht es darum, durch Ausbau und Optimierung des Regionalmanagements Vernetzungsstrukturen innerhalb der Regionen aufzubauen, vorhandene endogene Potenziale zu identifizieren und zu stärken. Im Gegensatz dazu zielt die Cluster-Offensive als erste Säule der Allianz Bayern Innovativ darauf ab, innerhalb einer Branche oder eines Technologiefeldes die Wettbewerbsfähigkeit zu stärken und dazu die Vernetzung landesweit voranzutreiben.

Die Grundidee des Regionalmanagements ist es, projekt- und umsetzungsorientiert die Entwicklung von Regionen oder regionalen Teilräumen zu gestalten. Die Erwartungen der Regionen konzentrieren sich dabei auf Unterstützung bei der Bewältigung von Strukturwandelproblemen, Sicherung von Arbeitsplätzen, Verbesserung der Verkehrsanbindung und wirtschaftlicher Standortbedingungen. Dabei spielt die Information über Bundes-, Landes- und EU-Förderprogramme ebenso eine Rolle wie die Beratung von Gemeinden und Unternehmen, die Erarbeitung von Marketingmaßnahmen oder Initiativen gegen die Abwanderung von Bevölkerung und Betrieben.